现在的一个缺点是，应用保护只会在Windows 10的企业是可用的，和管理员必须决定哪些网站是值得信赖的任务（并绕过这些安全措施，包括内部的Web应用程序，例如），是不可信的，受保护。（管理员也可以决定用户是否可以使用来自不受信任的网站。剪贴板或打印）另一个问题是，所有这一切依赖于一个具有硬件虚拟化支持的处理器，这意味着不是所有的台式机（或笔记本电脑）的支持。
另一个潜在的问题是，计算机每次只能运行一个程序，在其上运行的多个虚拟机。如果用户希望在边浏览会话应用保护的保护，他们将不能够使用的产品如VMware工作站或Oracle的VirtualBox使用其他虚拟机管理程序。不包括其他厂商的虚拟机技术可以造福一方的微软（因为它是希望大家使用Hyper-V），但它是可能为管理员和用户引起头痛。
和应用保护是不支持Windows10的消费者版本。目前还不清楚为什么这可能是-它可能是一个营销的举动，或微软可能已经决定，希望消费者选择信任和不信任的网站是不可行的。另一个可能的原因是，这样浏览意味着持续的饼干不能用：这是因为虚拟机拆除，每次关闭浏览器。可能在企业环境中是可以接受的，但消费者可能会在那。还有一个缺点，值得一提的是。尽管硬件支持虚拟化的使用，有可能是一个对性能的影响，使用这种类型的虚拟机。
然而，尽管有这些吸引无可否认，使用虚拟化是最终用户的安全向前迈进了一步，特别是当它的内置到操作系统而不是作为一个第三方的反恶意软件解决方案。
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